近来发生了数起离奇的失踪事件——在雨夜听到笼目歌谣的女孩相继行踪不明。鬼太郎（温兹瑛士 饰）发现失踪者是中了蛇女（寺岛忍 饰）的诅咒。女高中生比良本枫（北乃纪伊 饰）也中了此咒，生命濒危，鬼太郎以及同伴们和她一起踏上了解咒之旅。在妖怪图书馆的掌管者文车妖妃的帮助下，众人查知只有集齐三件上古乐器，举行...护人囃子之仪才能封印蛇女。于是，一行人分头前往古地往古地图上记载的“天”、“地”、“海”三处，寻找乐器。鬼太郎和枫去“天”——箱根的神山；猫女（田中丽奈 饰）和鼠男（大泉洋 饰）去“地”——高尾山；撒沙婆婆（室井滋 饰）和子泣爷爷（间宽平 饰）去“海”——三浦半岛的海面。 旅途中，随着咒语发作期限的逼近，枫对自己的命运感到绝望，自暴自弃起来。她和鬼太郎大吵一架，两人的关系陷入了僵局。
