《华丽间谍》是讲述遭母亲遗弃的诈骗犯铠井京介被控13项罪项因而入狱30年。但是有一天，首相吉泽总理跟他交通换通换条件。如果京介能捣破13宗恐怖活动的话，他就可以得回自由。 于是，京介被送到一间残旧的定食屋作住所，其中一个定食屋女职员竟然是直属首相的间谍组织的成员！不过，当他到达所谓的地下基地...、推开那一扇贴著一张纸写着“亚细亚财政研究所”的门的时候，里面只是坐着一位在使用算盘的“老板娘”。但是那个老板娘叫京介进入第二个储物柜，接着京介便下降到真正的基地。 在那里，京介遇见隔着电网的柜台漂亮女孩、新潮的武器发明家、性感美女、高中生黑客、阿叔神抢手等人。每进行一次任务，京介的心态都会转变。亦会回想起当年妈妈离家出走的前况。 究竟京介能否捣破13宗恐怖活动重获自由？最重要的是他又能否解开心结？
吉泽首相并没有生命危险，但是身边的间谍却一个又一个冒了出来。 Mr.匠投放了一枚导弹，使得整个东京达到了40度高温并且还有持续上涨的势头。 此时，京介回到谍报部，没有借助其他的力量，说服了叛徒们。
首相被身边的间谍押到Mr.匠的身边，俩人的恩怨则需要追溯到三十年前。 首相从Mr.匠手中逃出，到达了谍报部，但是谍报部里面的人大都背叛了，不得已首相被京介秘密送到三九家躲了起来京介也能够和首相谈论起了
