2022年，由瑞克·卡特上将率领的远征军离开地球，他们的使命是前往宇宙深处，到战争源头去消除威胁人类和平的隐患。经过数十年的征战，终于在机器人统治者的家园-泰洛星取得了来之不易的和平。远征军解放了所有被因维人蹂躏的星球，与反抗因维人的各外星种族结成了军事同盟-哨兵，可老家地球却因“朝大空虚”而被因维...人占领。远征军以为因维人是最后的威胁，但没有料到最大的威胁其实来自内部，在暗影中伺机等待…… 长期掌管外星技术的爱德华兹将军不满将控制权交还给远征军议会的决议，密谋勾结因维摄政王雷金特，叛变远征军。爱德华兹秘密开发的隐形技术令远征军损失惨重，哨兵同盟之一的海顿族大使却发现，爱德华兹努力多年的新成果，其实是一种失传已久的古老的海顿技术--暗影技术。海顿人主动协助远征军进一步研究开发，并且用暗影技术改造了远征军所有的舰队。 对爱德华兹将军的成功讨伐让远征军对解放地球充满了希望，并且意外地从爱德华兹那获得了中子弹头，海顿人又提供了足够的技术将中子弹头改造成了中子S导弹。于是，大部队浩浩荡荡地重返阔别20年的地球，可远征军的旗舰SDF-3号却在大决战前神秘失踪。 盘踞在地球上的因维人由女王瑞吉斯统领。一方要占领宇宙中最后一块的史前文化的繁殖地，而另一方则要誓死夺回祖先的家园。于是，空前惨烈的星际大战在地球空间打响。因维大军如狂风暴雨、遮天蔽日般向远征军袭来，一批又一批年轻的将士向他们素位谋面的母星冲去，但迎接他们的只有黑暗与死亡。 形势急转之下，远征军遭受重创，因维人似乎已稳操胜券。千钧一发之际，远征军总部下达了向地球发射中子S导弹的命令，即使要以抹平半个地球为代价，也必须结束因维人的统治。因维女王瑞吉斯认出向因维核心区“蜂房”袭来的中子S导弹正是暗影之子的武器，这促使她决定离开地球。瑞吉斯带领着自己的子民化身为精神凤凰，飞离地球，途中摧毁了了所有的中子S导弹，阻止了地球的灭顶之灾。 正当远征军为收复地球而欢欣鼓舞时，更狡猾的敌人开始蠢蠢欲动，意图诱惑远征军。让远征军更吃惊的是，新敌人正是被因维人称为“暗影之子”的海顿人--远征军曾经并肩作战的同盟。原来，海顿人之所以提供给地球人以武器与科技，是早有预谋的。 面对如此可怕的敌人，远征军却失去了载有史前文化母体的SDF-3号，这就意味着远征军失去了生命线，没有史前文化母体的供给，整个人类文明圈将会倒退回使用石油与核能的时代，面对如此退回使用石油与核能的时代，面对如此窘境，人类究竟将何去何从？