1846年夏季的一天，澳门海岸上来了十几个衣衫不整、疲惫不堪的人。他们是刚被葡萄牙女王任命为澳门总督的沙瓦德和随行人员，刚经历过一场海难。突然一伙黑布蒙面人执弓拔刀不由分说，将其携带的大部分鸦片和装有女王的任命书的皮箱一兵掳走，扬长而去。原来他们碰上了澳门有名的海盗杜海龙。沙瓦德怒不可遏，发誓上任以...后要报仇。上岸后，发现来到一个华人渔村，一个院子里发出喧哗声音，他们闻声寻去。 这一天，澳门望厦村长林春方正在给自己的小儿子阿明过18岁的生日，大儿子林伟良和未婚妻水莲帮助操办，场面煞是热闹，正高兴间，沙瓦德的部下卡洛斯率葡兵进来，蛮横地要搜寻被劫走的鸦片和皮箱，双方发生激烈冲突。阿明跑出向清政府驻望厦衙署官员王韬报告求助，却一去不回，神秘失踪。 沙瓦德率部前往总督府上任，却不想吃了个闭门羹，原澳门总督罗雷斯不想失去自己的总督职位，以对方没有女王任命书为由，非但不移交权力，反以私携鸦片为由将沙瓦德一行软禁关押。 与此同时，林家在焦急地寻找失踪的阿明。终于在海滩发现阿明的尸体，经仔细查验，林伟良发现弟弟的脖子被人残忍地拧断，由此怀疑是沙瓦德的人所害，愤而向罗雷斯投诉，要求调查血案，严惩凶手。罗雷斯正想置沙瓦德于死地，当即答应让法庭审理，并由当医生的儿子安东尼担任验尸官，请清政府官员王韬监审，以杀人罪起诉沙瓦德。 法庭上，虽然沙瓦德断然拒绝指控，但种种证据表明沙瓦德是杀害阿明的最大嫌疑人，林伟良等华人渔民群情激愤，一致要求法庭严惩凶手。然而关键时刻，安东尼突然改变证词，说从阿明的伤口看也可能是礁石所碰，溺水而亡，沙瓦德也指出在阿明出事附近海面还有一条可疑的帆船出现，帆船上的人是罗雷斯的卫队长约克中尉，并说罗雷斯纵容部下搞人口贩卖，阿明很可能是被人口贩子杀死。安简便的扑簌迷离，审判不了了之。 原来约克中尉早就对罗雷斯不满，想利用沙瓦德上任之际为己谋利。因此暗中威胁安东尼，让其作伪证。生性懦怯的安东尼只好屈从。罗雷斯见一时不能解决沙瓦德，就将其继续关押。追查阿明凶手的事也搁置下来。 罗雷斯的朋友大主教高斯达建议尽快找到被劫走的女王任命书，为防止夜长梦多，可以用暗杀手段干掉沙瓦德，罗雷斯默许。 林伟良屡次催促罗雷斯法办凶手，但罗雷斯另有打算，按兵不动。林伟良决心自己暗察杀害弟弟的凶手，但苦于没有线索证据。 沙瓦德的女儿苏姗获准外出散心，被杀手行刺，幸亏林伟良相救，方保得性命，苏姗请求林伟良帮助查找女王任命书，许诺若能帮助她父亲上任，就一定找出杀害阿明的凶手。林伟良对她的话将信将疑。但是为了尽快替弟弟申冤昭雪，经过一番曲折，从海盗杜海龙的相好——客栈老板娘阿秀手上拿到任命书，在跟沙瓦德会面的途中，被早已经跟踪的约克中尉击昏，任命书落入约克手中。 沙瓦德不想坐以待毙，假称愿意放弃总督职位，返回葡萄牙。罗雷斯答允，并为他举行送行宴会。宴会上，沙瓦德突然发难，武力解决罗雷斯。但是罗雷斯早有准备，反将沙瓦德拿下，关键时刻，约克中尉突然向议员们展示女王的任命书，证明沙瓦德确实是女王新任命的澳门总督。在众人惊愕之际，沙瓦德趁机打死大主教高斯达，将罗雷斯关押。沙瓦德正式上任。 林伟良和未婚妻水莲从小青梅竹马，相亲相爱，但水莲父亲沈祥坤又因吸食鸦片欠下广州富商李公子巨额债务，将女儿水莲私许李公子为妾，找到林家退亲。水莲得知后焦急万分，找到林伟良商量办法，林伟良一心替弟弟报仇，找到凶手，竟然没有在意。当得知事情的严重性时，两家婚约已经解除。水莲和他发生误会。林伟良的好朋友文宝一直暗恋水莲，得知林伟良和水莲解除婚约后，通过姐姐阿秀向水莲提亲，却遭到拒绝。 沙瓦德上任后，为了笼络人心，将曾经帮助自己上任的约克当众绞死，罪名是杀害了华人阿明。这一惩治凶手的举动果然使林伟良和其他澳门华人对其产生了好感。沙瓦德看重林伟良的才干，邀请他参与政务，管理华人渔民税收。并将碍手碍脚的清政府驻澳门官员王韬驱逐出去。林伟良此时发现沙瓦德并非是自己想象的那种开明官员，反而对中国怀有强烈的扩张野心。断然拒绝所谓的委任。不久，沙瓦德就露出狰狞面目，大肆征税，并封海炮击不交税的华人渔船。林伟良火速报告香山县府，象山知县张文泰率兵前来问罪，沙瓦德不甘示弱，双方剑拨弩张，关键时刻清政府只是忍让，张文泰无奈撤退。 沙瓦德变本加厉，强征鱼税、大开赌场、贩卖人口、搜刮民财，林伟良等渔民忍无可忍，决定成立自卫民团武力抗税，不想消息败露，沙瓦德派兵前来捉拿林伟良，幸得水莲相救，林伟良负伤跳海逃跑，躲入山林。 水莲被葡兵捕获，关押总督府。安东尼舍名将其救出，原来他和水莲是同父异母的姐弟，水莲的母亲当年曾在总督府做女佣，和罗雷斯生下这个“土生”。安东尼救出水莲后，因不堪卡洛斯的考问自杀。 林伟良在山上由于伤口化脓生命垂危，杜海龙用土方将其治好，并让水莲上山照顾，两个人在山上度过了一段美好的时光。 文宝情场失意，整日戒酒浇愁，和李公子混在一起。林伟良屡次劝他不听，反在李公子开的赌场混了一个差事。 水莲下山后，突遇逼婚的李公子，李公子威胁利诱，准备强行将水莲带走，沈祥坤虽然同意将女儿嫁给李公子，实出于无奈，当得知李公子是要将女儿献给卡洛斯时，他奋力相救，咬伤卡洛斯，被葡兵乱刀砍死。 文宝得知李公子的所为后，为了保护水莲，利用一次送行的机会，巧妙地将李公子杀死。 沙瓦德为了实现推广扩大殖民地的野心，一面继续围剿杜海龙，一面对华人施行暴政，杀害了敢于反抗的林伟良的邻居阿发，并以盖教堂(实为修建炮台)为名，强行征地，将望厦村民的祖坟地踏平挖掘，引起华人大规模反抗，林伟良的父亲林春方在率众反抗中，中弹身亡，其母也悬梁自尽。 林伟良悲痛欲绝，决心除掉这个澳门的暴君，和杜海龙联手刺杀沙瓦德，但沙瓦德生性狡猾，几次行动都没有成功，反遭来更大的报复。澳门华人处在水深火热之中。 沙瓦德的女儿苏姗爱上了林伟良，她多次劝阻父亲善对华人，但遭到沙瓦德的严厉斥责，并告诫不得和自己的敌人产生感情。卡洛斯趁机向苏姗求婚，遭到拒绝。卡洛斯以伤害林伟良性命要挟苏姗，终于得到苏姗的默许，同意订婚。苏姗为华人和葡人之间的对抗越来越烈深感忧虑，偷偷前往林家调解，被杜海龙扣为人质，在一些冲动的渔民要杀死苏姗时，林伟良认为不能伤及无辜，悄悄将其放走，此举引起了包括水莲在内的一些渔民不满。沙瓦德更加残酷地镇压敢于反抗他统治的华人，在一次冲突中，杜海龙深爱的女人阿秀也被卡洛斯率兵烧死。杜海龙闻之后，怒火满腔，驾驶装满炸药的马车冲向总督府，欲与沙瓦德同归于尽，但却被葡兵枪弹设中，惨烈牺牲。 林伟良继续和沙瓦德斗争，不幸被捕。他不屈不挠的反抗使沙瓦德大为惊讶，不明白一个渔民为什么在力量如此悬殊的境况下还要对抗自己的“文明”，再加上苏姗恳求他不要伤害自己的救命恩人，他决定不杀死林伟良，而是从精神上摧垮他。在一次审问后，沙瓦德明确告诉林伟良，阿明当初确实是被自己所杀，因为阿明看到了不该看到的东西——鸦片。谁要是阻碍自己在澳门的计划，都会得到惩罚。他要让林伟良看到自己如何征服华人，达到目的。 林伟良被关进条件恶劣的到目的。 林伟良被关进条件恶劣的劳工馆，备受折磨，身心遭到极大摧残。一段时间后，他的行为失常，大哭大笑，神志不清。沙瓦德为了检测他是否真的精神失常，当着他的面活埋了他的好朋友阿秀的弟弟文宝，林伟良仍然无动于衷。沙瓦德遂不怀疑，将其释放。从此，澳门街头出现一个疯疯癫癫拿着讨饭碗的乞丐——林伟良。 水莲得知林伟良放出后，前去照料，谁想林伟良根本不认识她，依然混迹于乞丐之间，看着以前曾经聪慧俊朗的未婚夫，如今蓬头垢面，行为古怪，令水莲十分伤心。 沙瓦德平定了澳门华人的反抗，利用新修的望厦炮台，攻占了中国的要塞拉塔石炮台，目标直指关闸。 在进攻关闸的前一夜，沙瓦德踌躇满志，乘兴在街头观看华人互相搏击，这是他从前当斗牛士时的爱好，喜欢看人相互残忍厮杀。当乞丐击败对手时，他发给胜方几个小钱奖赏。在乞丐中他发现林伟良也在其中，遂命其和另一个强壮的乞丐角斗。林伟良居然获胜，随后，林伟良持讨饭碗前来领赏。看着这个以前和自己作对，现在却落得如此可怜模样的中国人，沙瓦德得意地给林伟良碗中放了小钱，却不想此时碗却突然爆裂，飞出的碎片将其面部击伤，血流满面，林伟良目中喷火，冷不防拔出沙瓦德的配剑，将其头颅砍下！ 原来沙瓦德武艺高强，枪法准确。一般人根本近身不得，林伟良忍辱负重，装疯将其骗过，趁其不备将其刺死。混乱中，水莲和林伟良冲散。 澳门总督倒毙街头，震惊朝野！澳门葡人一片惊慌。一心要当澳门总督的卡洛斯发誓要抓获凶手，联合英美等国准备向珠江口进攻。清朝皇上大为恐慌，下令抓拿惹祸的林伟良。林伟良为了不连累华人，毅然向香山县衙自首。为平息西方列强的愤怒，软弱的清政府决定处死林伟良。在行刑的当天，水莲身绑炸药赶往广州刑场，林伟良和水莲四目深情相对，在刽子手刀落之际，水莲冲向一旁监斩的卡洛斯，随着一声巨响，水莲和卡洛斯化为碎片，同归于尽。 苏姗万念俱灰，一身黑衣，进了修道院…… 这就是1849年发生在澳门那段鲜为人知、悲壮惨烈的故事。 公元1999年12月20日，澳门终于回归祖国。